一些不育夫妇很关心的是试管婴儿是否与一般孩子不一样，会不会生出一个怪胎，也就是生出畸形儿？他们往往对此非常不放心，并一再要求医生做出承诺。实际上，这对于医生来说实在是有点苛求了，医学中有许多不确定因素存在，即使是没有进行试管婴儿技术而自然妊娠和分娩的后代，也不见得都是%的健康。
事实上，试管婴儿出生的孩子也和正常妊娠一样，出现某些畸形也是完全可能的。目前科学家们在动物身体上进行的研究已经证明了，出生这种畸形后代的危险性很小。而且，近40年来的人类治疗经验，那些已经出生的试管婴儿已经用活生生的“人证”来以同样的结论回答了这个问题。
此外，子宫本身可以将异常胚胎以流产的形式排斥掉，我们还可以利用现代的科学技术对胚胎和胎儿进行全面检查，早期淘汰异常或畸形儿。最后，在万不得已的情况下，还可以通过产前诊断来明确胎儿的发育情况，对于确定诊断有严重问题的胚胎，给予积极处理，主动淘汰这个“残次品”。
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